La Coral Aquae neix de la inquietud musical d´un grup de socis i sòcies de la Societat Musical La Unió Filharmònica d’Amposta. El primer assaig es va fer el 7 de febrer de 1998, sota la direcció de Gerard Fusté.

Durant tot l´any 1998, la formació va realitzar diferents concerts i intercanvis amb altres corals com són l´Orfeó Ulldeconenc, l´Orfeó Tortosí, la coral Hiberus i també concerts amb la banda de música «La Unió Filharmònica», per celebrar Santa Cecília i el concert de Cap d´Any.

Durant l´any 1999 va fer 14 actuacions, entre elles, intercanvis amb la Coral Sant Sebastià de Vinaròs, l´orfeó Pau Casals de Sant Carles de la Ràpita, l´Agrupació musical Canareva d´Alcanar, etc. També va participar en festes d´associacions de veïns d´Amposta, el dia 11 de setembre amb motiu de la Diada de Catalunya, el dia mundial de la Sida, a la cloenda de la Marató d´EMUTE en benefici de Caritas i altres concerts a l´Auditori de la Societat.

De l´any 2000 cal destacar l´intercanvi amb el Cor Polifònic ciutat de Xàtiva i el Concert de Nadal, juntament amb l´Orfeó Ulldeconenc i la banda de música «La Unió Filharmònica» d´Amposta.

L´any 2001 va continuar oferint concerts a les Borges del Camp amb la Banda de Música i juntament amb l´Orfeó Ulldeconenc van celebrar l´Any Verdi.

Des de l´abril de 2002 és membre de la Federació Catalana d´Entitats Corals (FCEC).

L´any 2004, la Coral Aquae va ser l´organitzadora de l´Aplec de Corals de la FCEC, en el que van participar-hi un gran nombre d´entitats corals procedents de les comarques del Montsià, Baix Ebre, Terra Alta i Ribera d´Ebre. Al mes de setembre de 2004, va actuar juntament amb la Banda de Música de La Unió Filharmònica d´Amposta i l´Orfeó Ulldeconenc al Palau de la Música Catalana. Durant aquest concert va ser enregistrat un CD, que l´any 2005 va ser editat i presentat al Concert de Santa Cecília amb el nom de «La Fila al Palau».

Va ser a finals d´aquest any 2004, quan Gerard Fusté, per raons professionals deixa la direcció de la coral i és substituït per Núria Ferré, l´actual directora de la Coral Aquae.

L´abril de 2006, dins dels actes d´Amposta Capital de la Cultura Catalana, la Coral Aquae organitza el I Aplec de Corals de Terres de Parla Catalana, trobada que torna a organitzar l´any 2008.

Des de la primera edició, l´any 2009, la Coral Aquae ha participat en la Festa del Mercat a la Plaça, interpretant l´Himne Oh! Amposta i en edicions posteriors, amenitzant la Festa amb la cantada de caramelles.

L´any 2012 va participar per primer cop en las XVII Primaveras Musicales Pejinas de Laredo (Cantàbria).

L´any 2017 participa en el Concert de celebració del Centenari de la Unió Filharmònica d´Amposta i a les Festes Majors d´Amposta del mateix any, intervé, juntament amb la Coral de La Lira, al concert del grup català Txarango.

a participat en quatre edicions del Lleida Canta, l’aplec organitzat per la Coral Maristes de Lleida: l´any 2018 Lleida Canta al Delta (celebrat a Deltebre),  l´any 2019 Lleida Canta a les persones (celebrat a Lleida ciutat), l´any 2021 Lleida Canta a la Cultura (celebrat a Cervera) i l´any 2023 Lleida Canta al medi ambient (celebrat a Lleida ciutat).

La Coral Aquae, al llarg de la seva trajectòria ha organitzat actuacions amb finalitats benèfiques a favor d´entitats socials de la ciutat, com les nadales al Mercat Municipal per recollir aliments a benefici de Creu Roja Amposta.

La programació estable d´activitats de la Coral Aquae, a més de la participació en la Festa del Mercat a la Plaça, la formen el Concert de Primavera, el Concert de Santa Cecília amb totes les seccions de la Fila i el Concert de Nadal a l´església arxiprestal. A aquestes activitats cal sumar-li diferents actuacions i intercanvis amb altres corals d´arreu del territori català. A més, també participa de qualsevol esdeveniment festiu, així és contractada per amenitzar cerimònies religioses, aniversaris o qualsevol celebració que vol gaudir del caliu de les seves veus.

Aquest 2023 la Coral Aquae compleix 25 anys i ho celebrarà amb un concert especial el dia 17 de desembre a l´auditori de la Fila.